Erzählt wird Mozarts Leben nach den Erinnerungen des kranken und alten
Hofkomponisten Antonio Salieri. Der Film beginnt mit Salieris Suizidversuch.
Als seine Diener ihn zu beruhigen versuchen, hören sie ihn durch die geschlossene
Tür in Selbstanklage rufen: „Mozart, ich habe dich getötet! Vergib deinem Mörder!“
Salieri wird in eine Irrenanstalt eingeliefert, wo er von einem Priester besucht wird, der ihm die Beichte abnehmen möchte. Salieri erzählt ihm von seiner eigenen Jugend und vergleicht sie mit derjenigen des wesentlich erfolgreicheren Mozart; er schildert seinen eigenen Traum, ein großer Musiker zu werden, und erzählt von seinem der Musik abgeneigten Vater, durch dessen Tod der Weg für Salieris Aufstieg am Wiener Hof bei Kaiser Joseph II. frei wird. Der alte Salieri schildert voller Selbstmitleid seine Zeit am Wiener Hof („Alle mochten mich, und ich mochte mich auch bis er auftauchte.“), bis Mozart als Konzertmeister des Fürsterzbischofs von Salzburg nach Wien kam. Bei einem Konzert, das Mozart dirigiert, erkennt Salieri das wahre Talent Mozarts und seine eigene Mittelmäßigkeit seine Eifersucht und sein Neid wachsen ins Unermessliche, da Gott offensichtlich ein „obszönes Kind“ mit göttlichem Talent gesegnet hatte, während ihm dieses Talent versagt blieb, und Gott ihm, Salieri, nur die Möglichkeit gab, dies zu erkennen.
Mozart stellt sich bei Kaiser Joseph II. vor. Der Kaiser selbst gibt eine Oper bei ihm in Auftrag, ein Meisterwerk, „Die Entführung aus dem Serail“. Bei dieser Audienz demütigt Mozart Salieri, indem er am Hammerklavier eine seiner Kompositionen ins Lächerliche zieht. Salieri sieht sich einstweilen jedoch im Vorteil, da er entscheidende Träger des Hofstaates, die Mozart das Leben in Wien schwer machen können, wie etwa den Direktor der Wiener Hofoper, den Grafen Orsini-Rosenberg, auf seiner Seite weiß. Mozart heiratet in der Zwischenzeit Constanze, schafft noch viele weitere musikalische Meisterwerke und wird sehr schnell bekannt. Sein Leben ist jedoch überschattet von seinem missmutigen und kritischen Vater, der ihm einen ausschweifenden Lebensstil vorwirft, die Ehe mit Constanze verbieten will, seine Kompositionen kritisiert, jedoch später stirbt. Mozarts schlechtes Gewissen und seine Angst vor dem Vater schlagen sich in der bedrohlichen Musik nieder, die er zum Auftritt des mahnenden und strafenden Komturs in der Oper Don Giovanni, einem seiner größten Meisterwerke, komponiert hat. Salieri sieht sich jedes Mal, wenn eine von Mozarts Opern aufgeführt wird, diese in aller Heimlichkeit verborgen in seiner Privatloge an und erkennt von Mal zu Mal mehr, dass Mozarts Talent dem seinen haushoch überlegen ist. Mozart selbst pflegt einen recht verschwenderischen Lebensstil, der ihn in Geldnöte bringt. Dennoch schlägt er einen Posten als Musiklehrer der Erzherzogin Elisabeth aus, da er dazu seine Werke einer Kommission hätte vorlegen müssen, der der missgünstige Graf Orsini-Rosenberg vorsteht.
So geht seine Frau Constanze in aller Heimlichkeit zu Salieri in der naiven Hoffnung, dieser würde Mozart den Posten verschaffen, und legt ihm Mozarts Kompositionen vor. Salieri sieht sich diese an, und es folgt ein Potpourri von Mozarts Musik. Salieri schildert: „Da war sie wieder, die Stimme Gottes“ er kann nicht fassen, dass er Originale vor sich hat, denn es gibt keinen korrigierenden Federstrich. Zu den Klängen der großen Messe in c-Moll lässt er die Notenblätter entgeistert fallen und ist davon überzeugt, dass Mozart lediglich die Musik niedergeschrieben hat, die er schon fertig im Kopf hatte, ihm gleichsam von Gott eingegeben wurde. Nun stellt sich Salieri völlig gegen Gott, verbrennt ein Kreuz und schwört, dass er „Gottes Inkarnation“ vernichten werde, also Mozart ermorden werde. Doch lädt Salieri Constanze zum Abendessen ein sie solle aber allein kommen. Sie kommt in der Überzeugung, er sei auf ein sexuelles Abenteuer aus, und entkleidet sich, darauf hoffend, somit ihrem Mann zu helfen. Als sie mit blankem Busen vor Salieri steht, lässt dieser sie allerdings von einem Diener hinauswerfen. Auf arte wurde diese Szene nicht gesendet.
Nach dem Tod seines Vaters verfällt Mozart in langsam zunehmende Paranoia, hervorgerufen durch die grausamen Absichten seines eifersüchtigen und rachsüchtigen Konkurrenten Salieri. Weil dieser Mozart durch das Bezahlen eines Dienstmädchens ausspioniert hat, weiß er von dessen Überarbeitung und treibt die Ereignisse schließlich auf die Spitze, indem er sich in dem gleichen schwarzen Kostüm verkleidet, das Leopold Mozart bei seinem Besuch in Wien auf einem Maskenball getragen hat. In dieser Aufmachung gibt er bei Mozart die Komposition eines Requiems in Auftrag, der Mozarts Zerrissenheit weiterhin steigert, vor allem da der anonyme Auftraggeber wie ein Geist des toten Vaters wirkt, was Salieri natürlich erreichen wollte. Salieri schmiedet den Plan, als anonymer Bote auf die Fertigstellung des Requiems zu drängen, indem er Mozart mit Geld lockt, ihn anschließend zu töten und bei der Totenmesse zu Mozarts Begräbnis dann das Requiem aufzuführen und als seine eigene Komposition auszugeben. So würde er letzten Endes doch noch über Gott den Sieg davontragen. Doch noch ist sich Salieri nicht klar, wie er Mozart beseitigen wird.
Als Mozart dann beginnt, sich mit Emanuel Schikaneder und seiner vor allem weiblichen Schauspielertruppe herumzutreiben, reist Constanze zur Kur nach Baden ab, und in seiner Einsamkeit schafft er seine letzte Oper, die Zauberflöte. Als er während der Uraufführung zusammenbricht, wird er von Antonio Salieri nach Hause begleitet und zu Bett gebracht. Kurz darauf klopft es an der Tür. Mozart glaubt, es sei der anonyme Bote, der das Auftragswerk abholen will. Vor der Tür steht Schikaneder mit Schauspielerinnen und überbringt den Gelderlös der Zauberflötenaufführung. Salieri lässt Mozart jedoch perfiderweise in dem Glauben, es sei der Bote gewesen, der auf die Fertigstellung des Requiems gedrängt habe. Und so kommt es dazu, dass Mozart Salieri anfleht, er möge ihm dabei helfen. Dies kommt Salieri freilich entgegen, da er das fertige Requiem unter seinem Namen veröffentlichen will. So diktiert Mozart Salieri Abschnitte des Requiems.
Am Morgen darauf kommt Constanze zurück und findet den schlafenden Salieri vor. Sie versperrt die Partitur des Requiems und vereitelt so Salieris Plan, das Requiem als seine eigene Komposition auszugeben. Als sie Mozart wecken will, stellt sie fest, dass er kurz nach ihrer Ankunft gestorben ist. Unter den düsteren Klängen des Lacrimosa wird Mozarts Leiche in ein Massengrab geworfen. Damit ist Salieris Plan vereitelt, und er hadert wiederum mit Gott, dass er „seinen Liebling“ Mozart habe sterben lassen, bevor er ihm, Salieri, einen kleinen Abglanz dessen Könnens durch das Requiem habe zuteilwerden lassen. Salieri schließt jedoch noch insgeheim Frieden mit ihm.
Viele Jahre später ist sein schlechtes Gewissen, der Ursprung für Mozarts Paranoia und seinen frühen Tod zu sein, der Grund, dass er versucht, sich selbst das Leben zu nehmen. Außerdem erfüllt es ihn mit innerer Verzweiflung, dass seine Musik schon zu seinen Lebzeiten verblasste, die von Mozart jedoch unsterblich wurde. Der Film endet wieder dort, wo er begonnen hat: In Salieris Zelle in einer Irrenanstalt, wo der nach dieser langen Erzählung sichtlich geschockte und gebeutelte Priester von Salieri mit den Worten getröstet wird, dass er für ihn beten werde, denn er sei der „Schutzpatron aller Mittelmäßigen“.